Rから逃げるな!!----番外編:gfortranの依存関係

Rのライブラリtopicmodelsやtmをインストールしようとした際、あるエラーに躓いたので記録を残しておきます。

  • 起きた問題
  • 解決方法

起きた問題

install.pacakeg()でtopicmodelsやらをインストールしようとするとパッケージslamがないのでインストールしてとメッセージが。というわけでインストールしようとしてyesとしたら途中であるエラーが。

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実際にエラーが確認できるのは2枚目の写真です。どうも、gfortranのライブラリにアクセスしようとしてもディレクトリがないらしい。

そこでgfortranを入れようと思ってググると、どうもgfortranがgccにひとまとめにされているらしいのでHomebrewでbrew install gccとしてみた。(これが完全なる罠である)

インストールも終わったので、解決できるだろうと踏んでいたが、同じエラーが出現。

Rはgfortranがgccにまとめられてもそこらへんの対応はまだしていないそうで。

解決方法

日本語では記事になっていなかったので英語で調べてみたらいいものがあった。

Rcpp, RcppArmadillo and OS X Mavericks "-lgfortran" and "-lquadmath" error - The Coatless Professor

こちらの記事でも同様にgfortranに関するエラーについて記述している。

こちらではRのバージョンに関しても考慮して書かれているのおすすめです。

結局の解決策(R3.4.*の場合)はgfortranを単体でインストールすること。

そのためには下記のリンクからgfortranを自身のOSにあったものをダウンロードしてインストールするだけ。

これだけでtopicmodelやtmのライブラリはインストールできました。